最终幻想3中，游戏开始产生了质的改变，游戏画面不再是2D画面，而是开始制造出人物的立体感。
主角鲁纳斯在洞窟中缓缓睁开眼睛。在狭长的洞穴中，您可以尝试使用虚拟操纵杆进行移动。 游戏采用“地雷”方式遭遇敌人，易于控制。杂鱼被消灭，继续前进就会到达第一个水晶的位置。路上会出现一个宝箱，所以拿羊。这时候，你到达水晶附近就会进入BOSS战。
离开村子后，顺着地图向南走，来到了剧情发生的瓦斯村，遇到了离开村子的阿鲁库。得知后，阿鲁库加入了队伍。进了村子，才发现还是挺奇怪的。空旷的村子里没有一丝怒火。在村子里逛了一圈，进了酒馆，发现这里的村民都被施了魔法，变成了透明的人。与一旁的实德老人对话。他会请主角帮忙。营救村民并告诉主角飞艇的位置。
强化的飞空艇，果然不凡，轻而易举的将巨石砸成碎片。在施德的带领下，我们来到了南方的康南村。这里是施德的家乡。主角们见他在照顾生病的妻子，也觉得不方便打扰，所以早早离开了。在向这里的村民打听消息时，主角得知附近山上有一条巨龙，经常来骚扰这里的村庄。为了测试自己的实力，我们一行人决定去回龙。
抬头一看，发现一条巨龙盘旋在高空之上。卢纳斯一行人，似乎已经被巨龙发现了。于这个巨大的生物，主角们根本无法抗拒。众人一觉醒来，发现自己身处巨龙巢穴，似乎有意将四人当做幼龙的食物。这时，一个蓝衣青年从旁边的草丛中走了出来。互相介绍完后，才发现眼前这个年轻人因为失忆而苦恼。
在森林里，我们遇到了小人族的一员。他似乎是为生病的村民而来，并给了我们缩小的魔法。身后的巨龙转身，依旧跟在后面。看来我们要看到活着的人或尸体了。我们得到了收缩魔法，我们自然而然地逃到了通往小国的森林里。我们还是理性的选择了在这个残酷的世界里继续生存下去。我们别无选择，只能眼睁睁地看着他吃唯一的药。作为等价物的交换，医生打开了让我们逃离热那拉山脉的秘密通道。
一路向北，会有一个巨大的漩涡挡住去路，旁边还有一座巨大的塔。进去后发现这里地上有青蛙，上层没有办法。我们不得不走出塔楼，继续向西走。当他们来到旁边的一个山谷时，这里住着许多圣人。谈话中，他们告诉我们，只有来到Onta山顶，做出一些牺牲，才能消除漩涡，还教了我们青蛙变身的技巧。
